有机肥料发酵到底是什么？从宏观角度看，有机肥料发酵可分为地面发酵和罐式发酵。从微观上讲，有机肥料的发酵分为有机物的矿化和有机物的腐殖质以及重金属的转化。有机肥的发酵是什么都有哪些方法？
一、有机物的腐殖化过程
即有机物被分解并重新合成以产生更复杂的特殊有机物-腐殖质。这两个过程同时进行，但方向相反，在不同条件下，每个过程的强度都明显不同。
关于腐殖质形成过程的陈述很多，大致可分为两个阶段：
在第一阶段，有机残基被分解以形成构成腐殖质分子的原始物质，例如多酚、含氮有机物（氨基酸、肽等）；
在第二阶段，微生物分泌的多酚氧化酶首先将多酚氧化为醌，然后醌与氨基酸或肽缩合形成腐殖质单体。因为苯酚、醌、具有多种氨基酸，并且缩合方法不同，所以形成的腐殖质单体也多种多样。在不同条件下，这些单体进一步缩合形成不同大小的分子。
二、堆肥过程中重金属的转化
虽然微生物不能降解重金属，但它们可以通过控制重金属的转化途径来降低毒性。微生物，尤其是细菌、真菌在重金属的生物转化中起重要作用。
尽管某些微生物可以改变环境中重金属的存在，但它可以增加化学物质的毒性，引起严重的环境问题或浓缩重金属并在食物链中积累。但是，某些微生物可以通过直接和间接作用从环境中去除重金属，从而有助于改善环境。
三、有机物的矿质化过程
即将复杂的有机物分解为简单的物质，最终生成二氧化碳、的水和矿物质。它可以为作物和微生物提供速效营养素，为微生物活动提供能量，并为腐殖化有机物的腐殖制备基础原料。
1、分解无氮有机物
多糖化合物（淀粉、纤维素、半纤维素）首先通过微生物分泌的水解酶的作用水解为单糖。在通风良好的条件下，葡萄糖会迅速分解。酒精、乙酸、中间产物（例如草酸）不容易积聚，最终形成CO2和H2O，同时散发大量热能。
如果曝气不好，则在需氧微生物的作用下，单糖会缓慢分解，产生的热量较少，并且会积累一些中间产物有机酸。在极端厌氧条件下，还会产生还原性物质，例如CH4、 H2。
2、氮有机质的分解
堆肥中的氮有机质包括蛋白质、氨基酸、生物碱、腐殖质等。除腐殖质外，其他大多数很容易分解。例如，蛋白质在微生物分泌的蛋白酶的作用下逐渐降解，产生各种氨基酸，然后被硝化形成硝酸铵盐、，可被植物吸收和利用。
3、含磷有机物的转化
堆肥中的含磷有机化合物在腐生微生物的作用下形成磷酸，成为植物可以吸收和利用的养分。
4、含硫有机物的转化
堆肥中的含硫有机物通过微生物的作用产生硫化氢。硫化氢易于积聚在易感环境中，并可能对植物和微生物造成破坏。然而，在通风良好的条件下，硫化氢在硫细菌的作用下被氧化成硫酸，并与堆肥中的碱反应形成硫酸盐。
它不仅消除了硫化氢的毒害，而且成为植物可以吸收的硫素。在通风不良的情况下，会发生脱硫作用，将硫酸转化为H2S并损失掉，并对植物有毒。在堆肥发酵过程中，可以通过定时翻转措施改善堆肥的通风，并消除抗硫化作用。
5、脂质和芳香族有机物的转化
单宁、树脂和其他结构复杂且分解缓慢。最终产品也是二氧化碳和水。木质素是堆肥中含有植物性原料（例如树皮、的木屑等）的一种特别稳定的有机化合物。它具有复杂的结构并包含芳香核，它以聚合形式存在于植物组织中，极难分解。
在通风良好的条件下，它主要通过真菌、放线菌的作用而缓慢降解，其芳香核可以变成醌化合物，这是腐殖质再合成的原料之一。当然，这些物质在某些条件下会继续分解。
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