猪粪有机肥发酵过程分为两个阶段：
1、高温阶段：
添加猪粪发酵剂后可以除臭、杀灭有害菌细胞，杀灭粪便以及秸秆中的病原菌、虫卵以及杂草种子等等。增加发酵的起始温度，在48小时内即可 升温至55℃以上，这个阶段需要7~10天才能进入下个阶段。
猪粪高温发酵阶段需注意的是：
整个发酵属于好氧发酵，然而堆肥发酵主要是以堆肥升温为主，所以堆体内的氧气会逐渐减少，同时温度过高会导致发酵时产生的有益菌失活，从而导致发酵缓慢甚至停止发酵。所以，就可以在温度达到50℃的时候，借助槽式翻抛机2~3天（夏季可以1天1次），进行翻堆处理。
2、中低温阶段：
经过前期的腐熟下一部就是分解，猪粪发酵过程中主要是将粪便以及秸秆中的高分子有机质，分解为小分子物质。这样才有利于土壤的吸收和利用，更有利缩短施肥的肥效释放时间。此阶段需要14~20天左右的时间，发酵温度基本在30~45℃，所以又成为中低温阶段。
猪粪中温发酵阶段需注意的是：
此阶段不可省略，因为后期将小分子分解出来，才会不再臭味复发；同时，有机肥施肥效果缓慢，高分子的有机质会增加土壤的分解能力，无法及时的缓解土壤板结、盐渍化等问题严重的地区。
从上面的两个阶段来看，一个完整的发酵过程至少需要二十天的过程。每年我国生产大量的畜禽粪便，但是因为环保意识不到位，38亿吨左右的粪便。
有一半以上的粪便污水以及生活污水，直接排到了田间、河水中，不仅污染当地气候环境，还影响人们的日常生活。再加上每年的秸秆产生量能达到9亿多吨，而利用率也不到五成左右，每年秸秆焚烧屡禁不止，对环境也是一种污染。
这些粪便和秸秆资源，对于环境是一种污染，对于农业生产却是宝贵的有机肥肥料来源。近两年来，政府也相继出台了各种有关于养殖厂禽畜粪便无害化处理的规范标准。
对于符合国家标准的有机肥生产设备可申请补贴。个别省地方为了鼓励有机肥的推广，山东省每生产1吨的猪粪有机肥，补贴300元前钱，而猪粪有机肥在山东的价格最低可以卖到1200元/吨。
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