在适宜温湿度和密闭的厌氧条件下，秸秆中的纤维素、半纤维素和木质素大量降解，产生糖类，继而又被转化成乳酸和挥发性脂肪酸，使pH值下降到4.5-5.0，抑制有害菌和腐败菌的繁殖。
秸秆肥发酵过程中需要注意以下几点：
1、如果用发酵池贮藏，发酵池尽量建在地势高的地方，方便渗水。
2、含水量一定要控制好。一般制作青贮的原料水分含量应保持在50%,低于或高于这个含水量，均不易青贮。水分高了要加糠吸水，水分低了要加水。
3、原料要有一定的糖分含量。一般秸秆都含有糖，为益生菌提供繁殖营养物质。
4、压实。在装窖时一定要将青贮料压实，尽量排出料内空气，不要忽略边角地带，尽可能地创造厌氧环境。
5、密封。青贮容器不能漏水、露气。一定要注意后天的维护工作。
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